Másik csoportjuk kizárólag a Kárpát-medence vízrendszerében található meg, emiatt különlegesek, hiszen csak itt élnek az egész világon, ezek az úgynevezett bennszülött fajok. Ilyen például a petényi vagy magyar márna. Sajnos az emberek tevékenysége miatt egyes halállományok a kipusztulás szélére sodródtak. A lecsapolások, folyószabályozások hatására nagyon megritkult például a lápi póc és a tokfélék állománya, amelyeknek beszűkült az élőhelyük. További halfajokat is terveznek természetvédelmi oltalom alá helyezni. Ilyen fajként emlegetik például a széles kárászt, amely őshonos fajunk, azonban ideális élőhelyének beszűkülésével és egyes agresszíven terjeszkedő halfajok – az ezüstkárász és a törpeharcsa – kiszorító hatása miatt igen megritkultak a természetes vizeinkben. Figyeljük, óvjuk természeti értékeinket, köztük a ritka, oltalom alatt álló halfajainkat! Sokkal ideálisabb lenne, ha a lista nem bővülne évente egy-két kihalás szélén álló halfajjal. Törekedjünk arra inkább, hogy néhány faj lekerülhessen a listáról, azzal az indokkal, hogy a halfaj szaporításával, élőhelyének észszerű kezelésével, védelmével és fenntartásával kedvezően gyarapodott az állomány.
A Berni Egyezmény, amelyhez hazánk 1990-ben csatlakozott, az európai vadon élő növények és állatok, valamint természetes élőhelyeik védelmét segíti. Ebben a tagállamok kötelezettséget vállalnak rá, hogy megteszik a szükséges jogi és adminisztratív intézkedéseket az egyezmény függelékeiben szereplő fajok védelme és fennmaradása érdekében. Az egyezmény II. függelékében a fokozottan védett, III. függelékében a védett, illetve kevésbé veszélyeztetett, de sérülékeny állatfajok szerepelnek. A II. függelékben halaink közül a fokozottan védett lápi póc, míg a III. függelékben 41 sérülékeny halfaj található. Utóbbiak közül zárójelben adjuk meg azokat, amelyekre nézve Magyarország kötelezettséget nem vállalt (4. táblázat). Az Európai Unió természetvédelmének gerincét a Natura 2000 nevet viselő program adja. Ennek lényegét az 1979-ben elfogadott, majd 1992-ben lényegesen kibővített úgynevezett Madár- és élőhelyvédelmi irányelvek (Bird and Habitat Directive) foglalják össze. A dokumentum eredetileg csak a madárvilág megóvását célozta, utóbb azonban úgy egészült ki, hogy hatálya valamennyi vadon élő európai növény- és állatfajra kiterjed.
A védett halfaj kifejezés az adott területen, országban, vagy akár egész kontinensen természetvédelmi oltalom alatt álló faj meghatározása szerint értendő. A védelmet általában a fajnak, vagy adott területen élő populációjának a veszélyeztetettsége indokolja.